Если ваши филиалы самостоятельно выполняют налоговые обязательства (являются налогоплательщиками в соответствии со статьей 35 НК), то согласно ч. 1 ст. 199 НК:

 «передача имущества, выполнение работ, оказание услуг одним структурным подразделением другому структурному подразделению одного юридического лица, в случае, если структурные подразделения являются в соответствии с настоящим Кодексом самостоятельными налогоплательщиками», включается в облагаемый оборот по реализации структурного подразделения.

Соответственно, при передаче ТМЦ вы должны оформлять счет-фактуру с отражением суммы НДС, которую получающая сторона примет к зачету.