Исходя из приведенного вопроса не совсем понятно о каком случае идет речь? В вопросе не указан размер госдоли. Вто же время указан источник финасирования контракта  - собственные средства предприятия. Поэтому если речь идет об импортном контракте предприятия, где государственная доля менее 50%, обеспечиваемом собственными средствами предприятия, то экспертиза в МВЭСИТ не требуется.

По нашему мнению одним из вариантов решения данного вопроса является обращение организации с соответствующим запросом в Государственный налоговый комитет РУ с просьбой дать разъяснение по данному вопросу. Основываясь на его разъяснении и нужно действовать.