Да, действия сотрудников налоговых органов могут быть правомерны, так как здесь применены санкции к должностным лицам, а не к налогоплательщику.

В случае добровольной уплаты налогов, других обязательных платежей и пени в течение тридцати дней со дня передачи материалов в суд налогоплательщик - субъект предпринимательства освобождается от применения к нему штрафов за неуплату налогов и других обязательных платежей (статья 112 НК РУз).

Согласно статье 120 НК РУз на сумму задолженности, равной излишне уплаченным суммам по другим налогам и иным обязательным платежам, пеня не начисляется.

При этом и в статье 120 и 112 НК РУз говорится о финансовых санкциях к налогоплательщику, а не его должностным лицам.

В вашем случае административные (не налоговые) санкции применены к должностным лицам за ведение учета с нарушениями установленного порядка,  что привело к  занижению причитающейся суммы налога в бюджет, вне зависимости от того факта, имелась ли у вас переплата по налогу или нет (пункт 1 статьи 175).

Квалификацию данного правонарушения необходимо осуществлять на основании положений Налогового кодекса, Закона "О бухгалтерском учете" от 30.08.1996 г. N 279-I, национальных стандартов бухгалтерского учета, нормативно-правовых актов, регулирующих порядок учета отдельных операций.

Субъектом правонарушения выступает главный бухгалтер. Руководитель, по нашему мнению,  может быть привлечен к ответственности только в двух случаях:

- единолично - при возложении на себя функции по ведению учета;

- одновременно с главным бухгалтером - за отсутствие учета (если на предприятии нет утвержденного(ых) приказом локального(ых) акта(ов), определяющего(их) систему организации внутреннего учета).