Вы вправе отказать в предоставлении документов, но вы не можете ссылаться на указанный документ, так как сферой его регулирования являются отношения по предоставлению государственных услуг, а не взаимоотношения между контрагентами по договору.

Не смотря на то, что Ваше предприятие было создано на базе действовавшего до этого ООО со 100% долей узбекского участника,  вы можете воспользоваться льготой, предусмотренной указанным вами Указом Президента, поскольку статус  предприятия с иностранными инвестициями ваше предприятие приобретает с момента его государственной регистрации  в качестве такового.