Как следует из вашего вопроса, заработная плата и все отчисления по ней в бюджет были начислены, но не выплачены в течение 3 лет. Образовалась задолженность предприятия по заработной плате и по платежам в бюджет.

Здесь со стороны предприятия идет несколько нарушений законодательства.

Во-первых, работодатель независимо от своего финансового состояния, обязан оплатить работнику выполненную им работу в соответствии с установленными условиями оплаты труда (ст.154 ТК). Сроки оплаты труда устанавливаются в коллективном договоре или ином локальном нормативном акте и не могут быть реже 1 раза в каждые полмесяца (ст.161 ТК).

Во-вторых, работодатель нарушает  постановление Кабинета Министров Республики Узбекистан «О дополнительных мерах по обеспечению своевременной выплаты заработной платы» (ПКМ N 88 от 19.03.2002 г.). В пункте 3 данного Постановления установлено, что руководители предприятий и организаций независимо от форм собственности несут персональную ответственность за своевременную и полную выплату заработной платы работникам. А пункт 4 Постановления устанавливает,  что прокуратура Республики Узбекистан усиливает надзор за строгим соблюдением руководителями хозяйствующих субъектов установленного в соответствии с действующим законодательством порядка своевременной выплаты заработной платы и в случаях образования просроченной задолженности по заработной плате привлекает виновных лиц к ответственности, вплоть до уголовной.

В-третых, если финансовое соотояние Вашего работодателя  действительно не позволяло исполнять свои обязанности по выплате заработной платы своим сотрудникам в течение 3 лет, то у него появились признаки банкротсва и согласно статье 8 Закона Республики Узбекистан «О банкротсве» (от 05.05.1994 N 1054-XII) руководитель предприятия обязан был обратиться с заявлением в хозяйственный суд о признании предприятия несостоятельным (банкротом). Признаком банкротства является неспособность удовлетворить требования кредиторов по денежным обязательствам и (или) исполнить обязанности по обязательным платежам, если соответствующие обязательства и (или) обязанности не исполнены им в течение трех месяцев со дня их наступления. Если хозяйственный суд признает предприятие банкротом и открывает процесс ликвидации предприятия, в первую очередь удовлетворяются требования по платежным (исполнительным) документам, предусматривающим выдачу денежных средств на выплату заработной платы (ст. 134 Закона).

Чтобы вам начать процесс взыскания своей зарплаты, нужно обратиться в районный суд по гражданским делам с требованием взыскания задолженности по заработной плате. Заявление подается в суд либо по месту регистрации (прописки) работника, либо по месту регистрации предприятия.

Таким образом, сразу после вынесения решения судом в пользу работника, будет выписан исполнительный лист о взыскании с работодателя задолженности.

Если говорить о порядке уплаты НДФЛ с начисленной заработной платы, то согласно статье 185 НК РУз налоговые агенты обязаны удержать начисленную сумму налога на доходы физических лиц из указанных в статье 184 НК РУз доходов налогоплательщика при их фактической выплате. Так как обязательство по выплате заработной платы должно быть погашено в обязательном порядке, то и оплата НДФЛ должна быть произведена также в обязательном порядке.

Работодатель вправе применить удержание штрафа за нарушение трудовой дисциплины к работнику как меру дисциплинарного взыскания в размере не более 30% среднего месячного заработка. Правилами внутреннего трудового распорядка могут быть предусмотрены случаи наложения на работника штрафа в размере не более 50%  среднего месячного заработка (п. 2 ст. 181 ТК).

При применении  удержания штрафа из заработной платы учитываются тяжесть совершенного проступка, обстоятельства его совершения, предшествующая работа и поведение работника.

Основанием для удержания штрафа из заработной платы работника является приказ руководителя о применении дисциплинарного взыскания, с которым должно быть ознакомлено под расписку лицо, с доходов которого производятся удержания.

Удержанные средства из заработной платы работника остаются в распоряжении предприятия.

При наличии остатков средств на казначейских счетах, в размерах, превышающих суммы невыплаченных расходов по заработной плате и начислениям на заработную плату, разрешается осуществление других расходов  в пределах сумм превышения (п.11 прил.к ПКМ № 414 от 03.09.1999г.).